《决斗之城》目前有四位主角可以选择，不同的主角对应不同的初始卡组，这里给大家一一介绍。
【武藤游戏】
武藤游戏，《游戏王》主角之一，他本是一名普通的中学生，非常喜欢玩游戏。由于身材矮小，在学校常受人欺负。在拼成了千年积木后，他的心中出现了另一个自己(暗游戏)，并凭着自己的真诚与善良交到了知心的朋友。后来通过参加决斗王国和战斗城市卡片决斗大赛并获得胜利，奠定了史上最强决斗者的称号。
对应初始卡组：魔法师卡组
【海马濑人】
海马濑人是武藤游戏的宿敌，为海马娱乐集团董事长，决斗虚拟影像系统的发明者以及决斗学院的创始人。卡组中有3张超级罕贵卡「青眼白龙」。
对应初始卡组：青眼卡组
【城之内克也】
城之内克也，曾经是个不良少年，实际有着一颗善良、勇敢的心。他是武藤游戏最好的朋友，与游戏一同参加了决斗王国的比赛，从此踏上了决斗者的道路。起初的技术非常差，但每次都依靠运气和赌博性质的卡组化险为夷战胜强敌，并逐渐变得强大，最终他凭借自己的努力，成为了一个真正的决斗者，最后成为被贝卡斯认同的仅次于武藤游戏和海马濑人的世界第三决斗者。
对应初始卡组：战士卡组
【伊西斯·伊修达尔】
伊西斯·伊修达尔是守墓一族的传人，大反派马利克·伊修达尔的姐姐,也是埃及政府重要的人物,持有千年首饰,能预见未来，并顺从着千年首饰的指引行事。将欧贝里斯克的巨神兵交给海马濑人，委托他用海马公司之力阻止弟弟的复仇。随后又指引暗游戏寻找他遗失的记忆。
伊西斯在游戏开始时不能被选择，角色等级达到35级可以解锁。
对应初始卡组：天使卡组
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