烦恼值是《妖怪百姬》一个非常独特的设定，每一位妖怪美少女都会有“烦恼”，但这里的烦恼并非负面状态，烦恼值越高，妖怪的状态就提升的越多唷。所以，妖友们要想办法提升妖怪们的烦恼值。相同妖怪合魂时会增加「烦恼值」。
与升华阶段无关，相同妖怪合魂时每1体可以付与10点烦恼值(大成功2倍)，「命」、「攻」、「防」的状态会上升，若使用已经持有烦恼值的妖怪进行 合魂会继承该妖怪所持有的烦恼值。但是「猫又」与「ゆけむり猫又」虽然是同一只妖怪，却不是同一升华系统的妖怪，所以合魂烦恼值不会上升。
还有全属性的豆腐小僧会被视为同一个妖怪，但不同属性合魂烦恼值不会增加。
烦恼値MAX
烦恼值最大108时增加的状态值会有Bouns，会随着稀有度有所差异，升华后Bouns会自动提升到当前稀有度的数值。
「山彦：木」的効果
「N山彦：木」「R轮唱山彦：木」是可以让所有妖怪烦恼值提升的妖怪。做为素材妖怪合魂，「N山彦：木」1体可以使烦恼值增加1，「R轮唱山彦：木」1体可以使烦恼值增加5。
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